Hlavní důvody, pro které začala muzea v českých zemích v 19. století vznikat, mají význam i v 21. století. Snaha dokumentovat vlastní minulost a formovat tak a udržovat historickou paměť společnosti či národa je imanentní součástí života každé moderní společnosti a výrazně se podílí na formulování životních zájmů a výhledů společnosti do budoucna. Muzea svojí sbírkotvornou činností vytvářejí pro tuto snahu materiální podklady a jsou v této své funkci nezastupitelná. Jindřichohradecké muzeum se ve své historii této roli nikdy nezpronevěřilo. Výsledkem jsou dnešní bohaté sbírky, díky nimž se řadí muzeum na jedno z předních míst mezi muzei své kategorie. Více než 100.000 jednotlivých sbírkových předmětů svědčí o odpovědné a pilné práci muzejních pracovníků i externích spolupracovníků od vzniku muzea až do současnosti. V dnešní době už nelze očekávat velký kvantitativní nárůst sbírek, nicméně za více než sto let existence muzea se vyprofilovalo jeho sbírkotvorné zaměření a dnes jsou sbírky spíš cílevědomě rozšiřovány z hlediska zvyšování jejich odborné kvality.
Minulost a současnost sbírkového fondu muzea
V roce 1880 byla na návrh učitele chlapecké měšťanské školy, Františka Lega, zaslána jindřichohradeckou učitelskou jednotou „Budeč“ žádost o zřízení městského muzea s přírodopisným, archeologicko-historickým a průmyslovým odborem. O dva roky později pak městská rada návrh schválila s tím, že muzeum bude mít archeologicko-historický charakter. Sbírka, jež se mezitím začala už shromažďovat, pak měla být umístěna se souhlasem hraběte Černína v přední síni zámeckého archivu a její opatrování bylo svěřeno archiváři Františku Tischerovi. Ten se tedy stal prvním kustodem městského muzea.
A jak vypadal základ tehdejších sbírek? Tvořily jej vzácné listiny z bohatého městského archivu a několik prehistorických předmětů. „Bylo toho všeho as tak do plachetky“, vzpomínal v roce 1902 na začátky muzea František Lego. Sbírka se však postupně rozrůstala, čemuž pomáhaly také výzvy nejrůznějších představitelů města i pravidelné poděkování dárcům uveřejňované v Ohlasech od Nežárky. Místo v zámeckém archivu přestávalo dostačovat, a tak byly muzeu v roce 1887 přiděleny místnosti na Zákosteleckém náměstí, kam byly sbírky umístěny do osmi, již speciálních muzejních vitrín. Správcem muzea byl ustanoven František Lego, který v témže roce společně se svou ženou a dalšími spolupracovníky uspořádal v zámeckém rondelu národopisnou výstavu. Představovala nejen blatské kroje, ale také četné památky bývalých jindřichohradeckých cechů, z nichž mnohé byly po jejím skončení darovány muzeu, další pak pro muzeum zakoupeny z výtěžku výstavy. Množící se sbírky a nevhodné prostředí způsobily, že se muzeum muselo opět přestěhovat. Až roku 1897 mu zastupitelstvo vyčlenilo dostatečně prostorné, suché a světlé místnosti v prvním patře tzv. masných krámů.
Na konci 80. let 19. století získala správa muzea novou posilu v osobě Dr. Josefa Nováka, gymnazijního učitele a zároveň uznávaného regionálního historika. Nový kustod převzal správu dosavadních fondů – listin, knih, autografů, rytin, obrazů a numismatiky, zatímco František Lego si ponechal správu „věcí lidových“, tedy fond etnografie. Josef Novák fondy pečlivě uspořádal a zkatalogizoval, jeho první inventární knihy jsou dnes zařazeny do sbírky muzea.
Další změna nastala po první světové válce, neboť místnosti masných krámů se za dvacet let naplnily přírůstky do té míry, že muzeum opět připomínalo skladiště. Když se roku 1924 přestěhovalo gymnázium do nové budovy, koupilo město budovu bývalého jezuitského semináře s jasným cílem: umístit v prvním patře muzejní sbírky.
Ve třicátých letech dvacátého století přichází další významná figura jindřichohradeckého muzea – Dr. Jan Muk. Vytvořil tematicky a regionálně zaměřené expozice a důsledně se věnoval také akviziční činnosti, shromažďoval a vykupoval předměty spjaté s regionem, které umísťoval nejen do expozic, ale nově i do depozitářů. Např. v roce 1934 zakoupilo muzeum soubor předmětů z pozůstalosti Emy Destinnové, o dva roky později byl instalován a zpřístupněn dodnes nejatraktivnější exponát, pohyblivý betlém zdejšího punčochářského mistra Tomáše Krýzy, zapsaný v Guinessově knize rekordů jako největší lidový mechanický betlém na světě. Nadcházející předválečná léta přinesla instituci možnost hostit v Jindřichově Hradci 18. sjezd Svazu československých muzeí (1937), který mimo jiné vydal pokyny k ochraně sbírkových předmětů před nadcházejícím válečným nebezpečím. Díky tomu byly nejcennější předměty uloženy v přízemí budovy a v dalších krytech. Během druhé světové války se muzeum soustředilo na prezentaci české minulosti města a po ukončení jeho činnosti také na vhodné uložení stále se rozrůstajících sbírek.
Po válce byla muzejní sbírka významně obohacena konfiskáty po německých obyvatelích a kolaborantech, což společně s rozsáhlou akviziční činností Jana Muka vedlo k tomu, že se od třicátých let množství sbírek zdvojnásobilo a tím pádem se muzeum opět potýkalo s nedostatkem místa. Z toho důvodu byla pro jeho účely uvolněna celá budova semináře. Další změny následovaly v padesátých letech, neboť jindřichohradecké muzeum se stalo muzeem okresním a směřovaly do něj četné sbírky ze zrušených městských a obecních muzeí, na druhou stranu byl z muzea převeden archiv města Jindřichův Hradec do nově vzniklého okresního archivu. K dalšímu významnému rozšíření okruhu působnosti okresního muzea došlo pak po roce 1960 v důsledku sloučení dřívějších okresů Dačice, Třeboň a Jindřichův Hradec.
Současná podoba sbírkového fondu se odvíjí od roku 2002, kdy došlo podle požadavků „Zákona o ochraně sbírek muzejní povahy“ k registraci sbírky Muzea Jindřichohradecka do systému Centrální evidence sbírek (CES), vedeného pod Ministerstvem kultury České republiky. V CES tak byla zaregistrována „Sbírka Muzea Jindřichohradecka“, která v sobě zahrnovala veškeré sbírkové předměty do té doby ve sbírce zapsané. Samotná sbírka byla při této příležitosti rozčleněna na podsbírky a fondy. Toto členění se prakticky až na drobné změny dochovalo do současnosti. V současnosti se jindřichohradecká muzejní sbírka dělí na dvanáct podsbírek – archeologická, historická, etnografická, fotografie, knihy, militaria, negativy a diapozitivy, numismatická, písemnosti a tisky, umělecké řemeslo, věda, technika a průmyslová výroba a výtvarné umění. Do nich jsou zařazeny jednotlivé fondy, kterých je celkem čtyřicet šest. Mezi nejpočetnější fondy patří například fond Pohlednice z podsbírky písemnosti a tisky s téměř 10 000 evidenčními čísly, dále fond Národopis z etnografické podsbírky s téměř 5 000 evidenčními čísly. K rozsáhlejším fondům pak patří fondy Kramářské tisky, Jindřichohradecké tisky, Tisky do roku 1900, Tiskařské štočky a Fotografie. Celkový počet evidenčních čísel celé sbírky se všemi podsbírkami a fondy činil ke konci roku 2021 téměř 72 000 evidenčních čísel, přičemž skutečný počet jednotlivých kusů předmětů dosahuje v současné době více jak 100 000 kusů. Každoročně je sbírka Muzea Jindřichohradecka obohacována přibližně o tisícovku nových sbírkových předmětů, které jsou získávány darem či koupí. Celá sbírka je pravidelně v desetiletých cyklech inventarizována. To znamená, že během deseti let musí být všechny součásti celé sbírky zkontrolovány.
Obsáhlou sbírku Muzea Jindřichohradecka odborně zpracovává sedm kurátorů. Každý kurátor má na starost několik fondů, které musí obhospodařovat, což znamená nejenom správně provádět jejich evidenci, ale také zabezpečovat vhodné podmínky pro uložení exponátů, zajišťovat jejich restaurování a konzervaci a také je využívat pro prezentaci na výstavách a v expozicích. V současné době se pro zpracování sbírky využívá různých počítačových programů, které pomáhají rychlejšímu vyhledávání předmětů a pomáhají jejich zpracování. Muzeum Jindřichohradecka využívá programu MUSEION. Zároveň s využíváním tohoto programu probíhá digitalizace, která pomocí digitální fotografie a skenování, zachycuje podobu jednotlivých sbírkových předmětů. Všechny tyto technologie pomáhají s prací se sbírkovými předměty a přispívají k jejich ochraně.
A na závěr příhodné postesknutí muzejníka k popisu muzejní každodennosti z počátku minulého století: „…obrovskému dílu podrobuje se musejník, práce jest nesmírná, nebezpečenství pochybení velké, pokušení nemalé, odpočinutí žádné a vděk malý.“
