Knihovně a jejímu uspořádání věnoval ve 20. století značnou pozornost významný regionální historik PhDr. Jan Muk. Od roku 1990 je kladen důraz na odbornou úroveň zpracování knih, jejich uložení, ochranu a tradiční i online služby veřejnosti.
Odborný fond obsahuje publikace se vztahem k charakteru činnosti muzea a jeho sbírek (archeologie, historie, národopis, knihověda, muzeologie, konzervování a restaurování, ochrana památek apod.), odborná periodika a rozsáhlý soubor regionální literatury.
Knižní sbírky jsou součástí Sbírky Muzea Jindřichohradecka a jsou zapsány v Centrální evidenci sbírek. Jedná se o fondy: jindřichohradecká nakladatelství, jindřichohradecké tisky, jiné tisky, knižní kultura, kramářské tisky, regionální literatura, rukopisy, svaté obrázky, tisky do roku 1900.
Nejstarší knihovní jednotkou je prvotisk Bible kutnohorské z roku 1489, k nejstarším rukopisům patří latinský graduál z počátku 16. století. Součástí sbírkových fondů je rozsáhlá unikátní kolekce památek na jindřichohradeckou Landfrasovu tiskárnu.
Muzeum pořádá výstavy knih, cyklus konferencí Knižní kultura 19. a 20. století, semináře, přednášky, akce v rámci celostátních kampaní Březen měsíc čtenářů a Týden knihoven.
