V interiéru kostela se nacházejí cenné raně barokní oltáře, renesanční a barokní lavice, kazatelna se sochou sv. Jana Křtitele a řada náhrobků. Nejkvalitnějším je pozdně gotický náhrobek Magdaleny z Gleichenu. V sakristii kostela můžete obdivovat anamorfní portrét jindřichohradeckého punčochářského mistra Tomáše Krýzy od vizuálního umělce Patrika Proška.
Jedna zvláštnost za druhou. Tak by se dal popsat kostel svatého Jana Křtitele, nebo přesněji řečeno jeho umělecká výzdoba ze 14. století, díky které je nazýván "nejtajemnějším místem v Čechách". Jeho stěny totiž zdobí monumentální výjev Zvěstování Panně Marii s 12 apoštoly, jehož součástí jsou zvláštní geometrické obrazce a deformované postavy. Vyobrazena je tu například nahá žena s ňadry na zádech, dále skřet se zkroucenýma nohama, tvorové se zvláštními hlavami nebo lidé bez trupu. Odpověď na důvod vzniku těchto podivných výjevů není vůbec jednoduchá. Někteří lidé spojují tyto zohavené tvory s peklem, jiní s mimozemšťany a další je dokonce vysvětlují spojením kostela a kláštera s templáři. Podle kunsthistoriků je ale pravděpodobnější vysvětlení, že se jedná o formu tzv. drolerií, tedy o žertovné a groteskní obrázky inspirované starými západoevropskými rukopisy, v nichž tyto kresby zachycují fantastická zvířata, lidské hříčky či kejklíře a které sloužily jako odlehčení vážného náboženského textu, projev tvůrčí svobody písařů a malířů nebo skrytá kritika mravů.
Nezvyklou pozdně gotickou malbu mohou návštěvníci vidět i v křížové chodbě přilehlého kláštera. Zobrazuje strom života a zároveň rodokmen Ježíše Krista formou keře vinné révy. Objevují se v něm kromě Panny Marie s Ježíšem také postavy starozákonných proroků a ve větvích pak poprsí judských králů.
Prostor, kde se areál bývalého minoritského kláštera s kostelem sv. Jana Křtitele nachází, byl prokazatelně osídlen již v průběhu 11.–12. století. Rozkládala se zde osada tvořená nadzemními dřevěnými domy. Areál je významný svou urbanistickou rolí, ale i autenticky dochovanými konstrukcemi a detaily; počínaje románsko-gotickým slohem, přes renesanci, baroko až po historismy 19. století. Budovy jsou mimořádně architektonicky hodnotné. Středověké základy kostela sv. Jana Křtitele pocházejí z konce 13. století. Rozestavěného chrámu se kolem roku 1320 ujali minorité a přibližně v polovině 14. století jej dokončili. Komplex později vypálili husité a původní trámový strop hlavní lodi na konci 15. století nahradila hvězdová klenba. Pozornost si zasluhují také boční kaple sv. Mikuláše, konvent minoritů se Soukenickou kaplí i renesanční sály pozdějšího špitálu. V interiéru je dochováno množství kamenických detailů a zajímavých nástěnných maleb. Také absence opěrných pilířů na vnitřní straně ambitu nemá v období 14. a 15. století v českých zemích obdoby. Areál kláštera je přirozeně spojen se šlechtickými rody Pánů z Hradce, Slavatů z Chlumu a Košumberka i Černínů z Chudenic. Jeho dlouhá historie odráží vývoj celého města od jeho počátků až do současnosti.







