Kirche
Archäologische Forschungen der letzten Jahre wiesen an der Stelle der heutigen Kirche eine ursprüngliche Bebauung mit Pfahlhäusern nach, die ins 12. datiert wird.
Anfang des 13. Jahrhunderts wurde hier ein Heiligtum errichtet, dessen Fundamente unter dem Chor der heutigen Kirche und der Nikolauskapelle entdeckt wurden. Das langgestreckte Kirchenschiff schloss mit einer Apsis ab. Mit dem Bau der heutigen Kirche des Hl. Johannes des Täufers wurde in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts begonnen. Sie zählt zu den ältesten architektonischen Denkmälern in der Stadt. Aus dieser Bauphase ist bis heute der Abschluss des südlichen Seitenschiffes erhalten geblieben. Die Anlage des Hauptschiffes und die halbrunde Arkade dazwischen gehen auf das Schaffen der Zisterzienser im Stil der sog. Gotik von Písek und Zvíkov zurück.
Ursprünglich wurde die Kirche als dreischiffige Basilika konzipiert. Das nördliche Seitenschiff wurde jedoch nie gebaut. Vor 1320 übernahm der Minoritenorden das Kloster. Er vollendete das Bauwerk gegen Mitte des 14. Jahrhunderts. Aus dieser Zeit stammt auch der wertvollste Teil der Malereien im Kircheninneren. Die flache Balkendecke des Hauptschiffes wurde Ende des 15. Jahrhunderts durch ein spätgotisches Sterngewölbe ersetzt.
An der Südseite des Sanktuariums entstand in den sechziger Jahren des 14. Jahrhunderts die Kapelle des Heiligen Nikolaus. Deren Dreistrahlgewölbe ist zur Mittelsäule gewölbt. An der Ostseite befindet sich eine Öffnung zu einem eigenen kleinen Presbyterium. Die Kapelle wird als die direkte Vorgängerin von südböhmischen zweischiffigen Kirchen betrachtet und zählt zu bedeutenden Werken der Hochgotik.
Anfang des 17. Jahrhunderts wurde das Presbyterium der Kirche mit neuen Bänken im Spätrenaissancestil ausgestattet. Ein Jahrhundert später wurden auch für das Hauptschiff neue Barockbänke angeschafft. In der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts wurde in der Kirche das Hauptaltar und am Anfang des darauffolgenden Jahrhunderts wurde die Kanzel mit der älteren Statue des heiligen Johannes des Täufers installiert. Nach der Aufhebung des Jesuitenordens wurden die dem heiligen Franziskus Xaverius und dem heiligen Ignatz von Loyola geweihten Altäre von der Maria Magdalenakirche hierher übertragen.
Im Inneren befindet sich eine Reihe von Grabsteinen. Der wertvollste von ihnen ist das gotische Grabmal der Magdalena von Gleichen aus dem Jahre 1492 und die Renaissancegrabmale der Herren von Lisov.
Kloster
Das Gebäude des Minoritenklosters schließt an die Nordseite der Kirche des Hl. Johannes des Täufers an. Der zentral gelegene Paradieshof wird von einem Kreuzgang mit spätgotischer Rippenwölbung umschlossen. Der Kreuzgang hatte zunächst, genau wie das Kirchenschiff nur eine flache Holzdecke. Im Jahre 1369 wurde der Vertrag zum Umbau des Kreuzgangs mit den Baumeistern Mikuláš und Ondřej abgeschlossen, die auch das Klosters von Třeboň errichtet und die architektonisch wertvollste Ostseite erbaut haben. Von dort betreten wir die sog. Tuchmacherkapelle. Sie ist zur Mittelsäule gewölbt und diente ursprünglich als Konventsaal. In der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts wurden hier weitere bauliche Veränderungen durchgeführt, unter anderem auch die reichhaltige Verzierung des Kreuzgangs. Die ältesten Fresken entstanden noch vor dem spätgotischen Umbau und wurden zum Teil dadurch beschädigt. Umfangreichere und besser erhaltene Malereien aus späterer Zeit sind im gesamten Kreuzgang zu sehen.
Nach dem Abgang der Minoriten in der Hälfte des 16. Jahrhunderts ließ Joachim von Neuhaus auf der Westseite des Klosters das Spitalgebäude errichten. Es hat im Erdgeschoss zwei großartige Renaissancesäle. Weiter erwähnenswert ist der Anbau der Barockkapelle in der Ecke zwischen dem Nord- und dem Ostflügel des Kreuzganges. Im Klosterareal gab es im Laufe der Zeit einige Brände. Die Gebäude, die vorwiegend vom Spital benutzt wurden, verfielen langsam und schließlich dienten sie als Touristenherberge. Ende des 20. und in den ersten Jahren des neuen Jahrhunderts erfuhr der gesamte Komplex aufwändige Sanierung. Derzeit ist er Teil des Museums der Region Jindřichův Hradec.