Kostel sv. Jana Křtitele patří k nejhodnotnějším stavebním památkám jižních Čech. Gotický kostel vznikal postupně od 3. čtvrtiny 13. století, kaple sv. Mikuláše je označována za perlu vrcholné gotiky v jižních Čechách. Bohatá výzdoba kostela se řadí k nejvýznamnějším projevům českého nástěnného malířství poloviny 14. století. V interiéru kostela se nacházejí cenné raně barokní oltáře, renesanční a barokní lavice, kazatelna se sochou sv. Jana Křtitele a řada náhrobků. Nejkvalitnějším je pozdně gotický náhrobek Magdaleny z Gleichenu. V sakristii kostela můžete obdivovat anamorfní portrét jindřichohradeckého punčochářského mistra Tomáše Krýzy od vizuálního umělce Patrika Proška.
Jedna zvláštnost za druhou. Tak by se dal popsat kostel svatého Jana Křtitele, nebo přesněji řečeno jeho umělecká výzdoba. Stěny totiž zdobí jak velice zajímavý rodokmen, tak geometrické obrazce i zvláštní postavy. Nezvyklou malbu mohou návštěvníci vidět i v křížové chodbě přilehlého kláštera. „Je to strom života a zároveň rodokmen Ježíše Krista,“ popisuje historik umění jindřichohradeckého muzea Jakub Valášek. Oproti prvnímu dojmu malby na zdi, z něhož máte pocit, že se jedná o fresku, malovanou na mokrou, právě nahozenou zeď, tomu tak není. „Je to nástěnná malba malovaná na suchou zeď,“ vysvětluje historik. Výzdoba kostela pochází ze 14. století. A je místy skutečně bizarní. Na jedné stěně je například vyobrazena nahá žena, která působí dojmem, že má ňadra na zádech, dále je tu skřet se zkroucenýma nohama, tvorové se zvláštními hlavami, lidé bez trupu a další podobné výjevy. Odpověď na vznik skřetů a podivných tvorů příliš jednoduchá není. Trochu připomínají zvláštní malby z tajuplné kaple na hradě Houska. Někteří lidé spojují tyto zohavené tvory s peklem, jiní s mimozemšťany a další je vysvětlují spojením kostela a kláštera s templáři. Podle kunsthistorika Jakuba Valáška je ale pravděpodobnější vysvětlení, že se jedná o výjevy ze středověkých bestiářů, tedy knih a obrazů ukazujících zlo jako takové. Přítomnost těchto maleb má varovat věřící před špatným životem a upozornit na možnost božího trestu.